Mangrove Map bermula pada September 2013 melalui inisiatif edukasi publik mengenai pemetaan mangrove yang disampaikan melalui media sosial. Inisiatif tersebut hadir sebagai respons terhadap kebutuhan akan metode pemetaan mangrove yang lebih cepat, praktis, terukur, dan tetap akurat dalam mengidentifikasi luasan serta tingkat kerusakan ekosistem mangrove.
Pada 15 Oktober 2016, bertepatan dengan Hari Ulang Tahun ke-XV KeSEMaT, Mangrove Map resmi diluncurkan dengan fokus pada layanan survei dan pemetaan mangrove. Sejak awal pendiriannya, Mangrove Map mengusung pendekatan ilmiah dan pemanfaatan teknologi geospasial sebagai dasar dalam mendukung konservasi, monitoring, dan pengelolaan wilayah pesisir secara berkelanjutan.
Selain menyediakan layanan survei dan pemetaan mangrove, Mangrove Map juga mengembangkan berbagai teknologi dan sumber daya pendukung, termasuk pengembangan aplikasi, pengolahan data spasial, pemodelan oseanografi, dokumentasi teknis, serta publikasi tematik di bidang GIS, mangrove, dan lingkungan pesisir.
Saat ini, Mangrove Map beroperasi sebagai salah satu unit bisnis IKAMaT dengan fokus pada layanan survei, pemetaan, analisis spasial, monitoring lingkungan, serta pengembangan solusi berbasis data untuk mendukung pengelolaan ekosistem mangrove dan wilayah pesisir di Indonesia.